Les maladies infectieuses et tropicales sont responsables d’un tiers des décès dans le monde. L’Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) Méditerranée Infection, en pointe dans la lutte contre ces pathologies, traite chaque jour quelques 1 500 échantillons biologiques. Afin de faciliter leur accessibilité pour la recherche clinique internationale, l’IHU a mis en place une solution d’automatisation des deux biobanques intégrées à son système d’information hospitalo-universitaire. ENOVACOM, éditeur français de logiciel e-santé et filiale d’Orange Business Services, l’a aidé à concevoir une architecture numérique sur mesure.

Optimiser la gestion des échantillons biologiques

L’IHU Méditerranée Infection est le seul institut français en microbiologie dédié aux maladies infectieuses et tropicales. Il intègre à la fois un laboratoire clinique, un hôpital (AP-HM) et un laboratoire de recherche universitaire. Doté d’une base de données infectiologique et microbiologique ainsi que d’une collection de bactéries et de virus accessible aux chercheurs du monde entier, ses deux biobanques de grande capacité permettent le stockage de 900 000 échantillons biologiques. Les biobanques sont des entités organisées, assurant la gouvernance et la gestion de ressources biologiques (collections d’échantillons de substances corporelles humaines prélevées sur des patients avec leur consentement à des fins de soins ou de recherche). Afin de répondre aux exigences de sécurité et aux besoins de mise à disposition rapide de ces échantillons aux équipes de cliniciens ou de chercheurs, l’IHU a souhaité optimiser la gestion de ses deux biobanques. Ne disposant pas des ressources informatiques internes nécessaire, les chercheurs de l’IHU ont fait appel à Enovacom, filiale d’Orange Business Services spécialisée dans les solutions e-santé.

En 2018, le consortium a lancé sobloo, une plateforme d’accès qui fournit à ses utilisateurs 6 pétaoctets de données satellite en open source, pouvant être facilement utilisées dans des applications métiers. Cet environnement unique regroupe notamment des outils de croisements ou de modélisation de données, mais aussi d’intelligence artificielle pour travailler et enrichir l’information brute. La plateforme sobloo rend ainsi possible la création de nouveaux services basés sur les données satellite, en aidant les utilisateurs à planifier, concevoir, mettre en œuvre et gérer des applications innovantes dans de nombreux secteurs d’activité.

 



Les équipes d’Enovacom ont été à nos côtés tout au long du processus, même durant le confinement. Nous savons que si à l’avenir il faut faire évoluer la solution, elles pourront répondre à de nouvelles demandes.

 

Pierre-Edouard Fournier, Professeur en microbiologie à l’Institut Hospitalo-universitaire Méditerranée Infection à Marseille

Entrepôt de données, manipulation automatique et interopérabilité des réseaux

Les équipes de l’IHU et de l’AP-HM débutent avec Enovacom la conception d’un projet répondant à des problématiques spécifiques du secteur de la santé et de la recherche. « Le défi majeur a été d’imaginer une architecture informatique permettant un stockage et un traçage informatique des échantillons sans saisie manuelle, tout en respectant le Règlement Général sur la Protection des Données » explique Laurent Frigara, CEO et co-fondateur d’Enovacom.

Après une phase d’analyse au cours de laquelle plusieurs scénarios sont imaginés, la solution mise en place comprend quatre éléments :

  • un entrepôt de données qui assure l’hébergement et le partage des informations sur les échantillons ;
  • un logiciel EAI (Enterprise Application Integration) qui consiste à faire communiquer plusieurs logiciels entre eux. Ici, il intègre à la fois le SI de l’AP-HM et celui du laboratoire de recherche, favorisant l’interopérabilité des applications et le partage des informations entre les réseaux universitaires et hospitaliers ;
  • le pilotage de mains robotisées et l’interfaçage des deux biobanques ;
  • une application de gestion qui relie et coordonne tout le dispositif.

Lors du lancement, une première phase d’observation donne aux acteurs clés du projet le moyen de s’appuyer sur des données de test avant à une mise en production optimale. La solution ergonomique, pérenne et évolutive, intègre en outre des processus d’anonymisation des données patient et sécurise les échanges entre les applications.

Des gains opérationnels précieux pour les acteurs de la recherche

L’IHU est devenu le premier institut français équipé d’une biobanque robotisée capable de gérer jusqu’à 3,59 millions d'échantillons, tout en garantissant la sécurité des données patients. L’accélération du stockage et de la récupération des échantillons, passée 0,04 échantillon par minute à 16,6 échantillons par minute (x 426) permet leur mise à disposition pour des recherches cliniques rapides. La manipulation automatique des échantillons limite quant à elle les erreurs et fait gagner du temps aux techniciens des biobanques.

Ces gains opérationnels précieux pour les acteurs de la recherche n’ont pu être obtenus que grâce à un réel travail de co-construction, comme le confirme Pierre-Edouard Fournier, Professeur en microbiologie à l’IHU : « Les équipes d’Enovacom ont été à nos côtés tout au long du processus, même durant le confinement. Nous savons que, si à l’avenir il faut faire évoluer la solution, elles pourront sans souci répondre à de nouvelles demandes. »